全期間

キーワード: ディープラーニング、Grad-CAM、X線、COVID-19、HealthShare、IRIS

目的

イースターウィークエンド中に、Covid-19に感染した胸部X線画像分類とCT検出デモを実行するを触ってみました。 デモの結果は上出来で、このトピックに関するその頃の学術研究出版物に一致しているようでした。 でも、本当に「上出来」と言えるのでしょうか。

最近、「機械学習における説明可能性」に関するオンラインランチウェビナーを聴くことがあったのですが、たまたまその講演の最後でDonがこの分類結果について話していました。

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InterSystems 開発者コミュニティは 21,978 名の優秀な開発者が参加しているコミュニティです
InterSystems IRIS のプログラマーが学習や知識の共有を行い、最新情報を入手し、共に楽しく成長できる場所です!

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。


InterSystems製品のプロセスが消費するメモリ領域は以下の6つの領域になります。

プロセスのプライベートな領域

 1. プロセスパーティション(ローカル変数テーブル等、プロセスごとに使用するメモリ)
 2. 長い文字列(LongString)使用メモリ
 3. 文字列スタック...等

プロセス間共有領域

 4. データベースキャッシュ
 5. ルーチンキャッシュ
 6. 一般ヒープメモリ(プロセステーブル、ロックテーブル等)

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前回のつづきとして、いよいよIRISのインターオペラビリティ機能を使ってMQTTブローカーからメッセージを受信し、データベースに格納する方法について解説したいと思います。IRISのインターオペラビリティ機能につきましてはこちらをご参照ください。

ネームスペース作成

インストール時に作成されているUSERネームスペースはInteroperabilityに必要なライブラリを参照するためのマッピングができていません。
そのため、新たにネームスペースを作成する必要があります。
作成方法は、以下の通りです。

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cAdvisorContainer Advisor)は、実行中のコンテナのリソースの使用率とパフォーマンスデータを分析して公開します。 cAdvisor は初期設定のままで Prometheus メトリクスを公開します。

https://prometheus.io/docs/guides/cadvisor/

Prometheus は SAM に統合されています。 このため、cAdvisor メトリクスと利用して Prometheus と Grafana で公開することが可能です。

cAdvisor はポート 8080 でリッスンしますが、これは Nginx のポートと競合するため、それに対応するように Nginx ポートを変更することができます。

構成手順:

  1. nginx ポートを変更します。

nghix.conf を変更します。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

Apache環境でRESTを動かすための設定方法は以下のとおりです。


1. Webゲートウェイをインストールします

添付(Webゲートウェイインストール手順.pdf)の手順に従い、Webゲートウェイをインストールします。
Webゲートウェイをインストールする前に、Apacheを停止してください。

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開発者の皆さん、こんにちは!

スタジオを利用されている方にはお馴染みのソースコードの「XMLファイルへのエクスポート/インポート機能」がVSCodeのObjectScriptエクステンションに追加されました! (ObjectScript 2.10.0以降に含まれています。こちらのリクエストが元となりました👉https://github.com/intersystems-community/vscode-objectscript/issues/1158 エクステンションの追加番号は#1171です)

今まで、過去エクスポートしたXMLファイルをVSCodeから参照するためには、管理ポータル(またはスタジオ)を利用してインポートする必要がありましたが、VSCodeの画面だけでできるようになりました!

💡注意1: InterSystems IRIS /InterSystems IRIS for Health 2023.2以降のバージョンに接続した状態でご利用いただける機能です。

💡注意2:この機能は管理ポータルやスタジオのインポート/エクスポートのVSCode版のような機能となるため、インポートしたソースコードはサーバ側にインポートされ、エクスポートはサーバ側コードを選択してXMLファイルにエクスポートする動作となります。XMLファイルインポート後、VSCodeのワークスペースでローカルファイル(*.cls や *.mac)として編集 したい場合は、 ObjectScriptエクステンションマークをクリックし、対象のコードを選択→エクスポート の手順でローカルにエクスポートする必要があります。

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これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

文字コードの変換に利用できる変換テーブル名は、以下のシステム関数で取得できます。

 Write $$GetIONames^%SYS.NLS()

現在のロケールにおいて各デバイス(ファイル、ターミナル等)のデフォルトの変換テーブル名を取得するには、%SYS.NLS.Table クラスを使用します。

確認方法は以下の通りです。

(1) システムデフォルト設定を取得するため、%SYS.NLS.Table のインスタンスを生成します。(引数に、"System" を指定します。)

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

ジャーナルファイルのサイズが大きすぎて、管理ポータルで検索やフィルタリング等できない場合、以下の2つの方法で参照することができます。

① ^JRNDUMP ユーティリティを使用する方法
② プログラムで参照する方法

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① ^JRNDUMP ユーティリティを使用する方法 例えば、グローバル参照 ^ABC を含むジャーナルファイルのすべてのレコードを選択する場合は、以下のようになります。


※以下、すべてのコマンドは %SYS ネームスペースで実行してください。

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· 2021年3月30日 1m read
動画:FHIR+IRIS for Health 101

*この動画は、2021年2月に開催された「InterSystems Japan Virtual Summit 2021」のアーカイブです。

この動画では、FHIR をご存じない方に向けて FHIR の概要を解説し、日本における FHIR 標準化活動の状況や国内外の事例を紹介しています。

https://www.youtube.com/embed/S7PV3RIpMUM
[これは埋め込みリンクですが、あなたはサイト上の埋め込みコンテンツへのアクセスに必要な Cookie を拒否しているため、それを直接表示することはできません。埋め込みコンテンツを表示するには、Cookie 設定ですべての Cookie を受け入れる必要があります。]

後半の16分~くらいからは、InterSystems IRIS for Health が提供する FHIR リポジトリに代表される FHIR 関連機能と、今後の機能ロードマップを紹介しています。

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IRISリリース2022.1のご紹介

本稿は、「InterSystems IRIS、IRIS for Health、HealthShare Health Connect 2022.1がリリースされました!」でご案内している内容を、補足解説する内容となります。

紹介ビデオ

米国本社プロダクトマネージャーによる本リリースのハイライトのご紹介ビデオ(英語)です。
https://www.intersystems.com/resources/whats-new-in-intersystems-iris-20...

リリース内容

年一度のEMリリースです。
- メンテナンスアップデート提供:リリース日から2年間
- セキュリティアップデート提供:リリース日から4年間

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

Web/CSPゲートウェイ管理ページは、通常クライアントマシンからアクセスできないように構成されています。

クライアントからその管理ページにアクセスすると、以下の様なメッセージが返ってきます。

システム管理 このシステムを使用する権限がありません。

Not authorized to use this facility.

You are not authorized to use this facility.

任意のクライアントからアクセスするためには以下の操作を行います。

Web/CSPゲートウェイ管理ページにアクセス可能なシステムからブラウザを起動し、管理ポータルにアクセスします。


管理ポータル>システム管理>構成>の所でCSPゲートウェイ管理をクリックします。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

※ IRIS Data Platformのサーバーライセンス(プロセッサーコア単位の課金)では以下の内容は適用されませんので、ご注意お願いします。

2012.1以降のバージョンより、ライセンス管理が厳格化されたために、管理ポータルでもライセンスを消費するようになりました。


デフォルトでは、管理ポータルは独立したID(CSPセッション)単位でライセンスを消費するために同一ユーザが複数ライセンスを消費するようになります。

スタジオ、ターミナル、管理ポータル全ての消費ライセンスをに同一ユーザにまとめる方法は以下になります。

(1) スタジオ、ターミナル、管理ポータルに共通ユーザでログイン

管理ポータル: [システム管理] > [セキュリティ] > [サービス]

以下3つを「パスワード」認証のみに変更

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· 2020年11月6日 4m read
外れ値について

これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

テーブルチューニングを行った際に、フィールドに値がほとんど登録されていない(Null)場合や、特定の値がほとんどを占める場合、その値を [外れ値] として除外して選択性計算を行います。 また、外れ値が全レコードの何 % を占めているかの値[外れ値の選択性] として記録されます。

InterSystems 製品のクエリオプティマイザは、選択性数値とエクステントサイズを使用してクエリの経路を決定しますが、クラスクエリ、埋め込み SQL に使用しているクエリに外れ値が含まれる場合は、外れ値の選択性が自動的に考慮され、インデックスの使用有無を決定しています。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

管理ポータル接続時に指定しているWeb サーバポートが正しい番号を指定しているかご確認ください。

Windows にクライアントツールのインストールを行っている場合は、ランチャーに登録している接続サーバの設定に問題がある場合が考えられます。

ランチャー > 優先接続サーバ > 追加/編集 で、接続先の Webサーバポートが正しく設定されているかご確認ください。

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最近行われたディスカッションの中で、Caché ObjectScript における for/while loop のパフォーマンンスが話に出ましたので、意見やベストプラクティスをコミュニティの皆さんと共有したいと思います。 これ自体が基本的なトピックではありますが、他の点では合理的と言える方法のパフォーマンスが意味する内容を見逃してしまうことがよくあります。 つまり、$ListNext を使って$ListBuild リストをイテレートするループ、または $Order を使ってローカル配列をイテレートするループが最も高速な選択肢ということです。

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これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

起動時に、 CTELNETD startup error: bind(sock) failed Telnet23ポートは別ソフトでは使用していません。というエラーが発生する場合の対処法です。

現在、InterSystems製品と以下のソフトの組み合わせで、この現象が発生することがわかっています。

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この連載記事では、InterSystemsの技術とGitLabを使用したソフトウェア開発に向けていくつかの可能性のあるアプローチをを紹介し、議論したいと思います。 今回は以下のようなトピックを取り上げます。

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Postgres から IRIS にデータとデータスキーマを転送または移行する必要がある場合があります。 これを現時点で実行するにはいくつかのオプションがありますが、最も一般的なオプションは、DBeaver(https://openexchange.intersystems.com/package/DBeaver)または SQLGateway を使用する 2 つの方法です。 最初のオプションはこの記事で紹介しますが、2 つ目のオプションは Robert Cemper が書いた「SQLgateway を使ったデータベース移行」(https://community.intersystems.com/post/db-migration-using-sqlgateway)という優れた記事で紹介されています。この記事では、DBeaver を使った移行の実行方法を説明します。

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こんにちは、皆さま

IRISとVSCODE環境を日頃から愛用しています。

普段は使用しませんが、実験的にCSPファイル(*.CSP)をVSCODEで編集してみようと思い試みましたが上手く行きませんでした。

VSCODEの拡張は、「InterSystems ObjectScript Extension Pack」を使用しています。

具体的は2つの方法を試しました。

1.DBからworkspaceにExportして編集+Import&Compile

ObjectScriptのソースTree-コンテキストメニューにExportが無いため動作を確認できず。

clsのExprot

cspのExportが…ない

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本記事は、あくまで執筆者の見解であり、インターシステムズの公式なドキュメントではありません。

IRISのoAuth2機能関連の情報発信は既に多数ありますが、本稿では
- 手順(ほぼ)ゼロでひとまず動作させてみる
- 設定の見通しを良くするために、役割ごとにサーバを分ける
- 目に見えない動作を確認する
- クライアント実装(PythonやAngular,CSPアプリケーション等)と合わせて理解する
- シングルサインオン/シングルログアウトを実現する

ということを主眼においています。

コミュニティ版で動作しますので、「とりあえず動かす」の手順に従って、どなたでもお試しいただけます。

現状、使用IRISバージョンはIRIS 2023.1のプレビュー版になっていますが、ソースコードは適宜変更します。

手順に沿ってコンテナを起動すると下記の環境が用意されます。この環境を使用して動作を確認します。

ユーザエージェント(ブラウザ)やPython/curlからのアクセスは、全てApache (https://webgw.localdomain/) 経由になります。青枠の中のirisclient等の文字はコンテナ名(ホスト名)です。

例えば、irisclientホストの/csp/user/MyApp.Login.clsにアクセスする場合、URLとして

 https://webgw.localdomain/irisclient/csp/user/MyApp.Login.cls

と指定します。

つまり、各エンドポイントは同一のorigin (https://webgw.localdomain) を持ちます。そのため、クロスサイト固有の課題は存在しません(カバーされません)が、仮に各サーバが別のドメインに存在しても基本的には動作するはずです。

oAuth2/OIDC(OpenID Connect)の利用シーンは多種多様です。

本例は、認証・認可サーバ,クライアントアプリケーション,リソースサーバの全てがIRISで実行されるクローズドな環境(社内や組織内での使用)を想定して、認可コードフロー(Authorization Code Flow)を実現します。分かりやすい解説が、ネットにたくさんありますので、コードフロー自身の説明は本稿では行いません。

認証・認可サーバの候補はIRIS, WindowsAD, Azure AD, AWS Cognito, Google Workspace, keycloak, OpenAMなどがあり得ます。個別に動作検証が必要です。

クライアントアプリケーション(RP)は、昨今はSPAが第一候補となると思いますが、利用環境によっては、SPA固有のセキュリティ課題に直面します。

IRISには、Confidential Clientである、従来型のWebアプリケーション(フォームをSubmitして、画面を都度再描画するタイプのWebアプリケーション)用のoAuth2関連のAPI群が用意されています。

そこで、Webアプリケーション(CSP)を選択することも考えられますが、クライアント編では、よりセキュアとされるSPA+BFF(Backend For Frontend)の構成を実現するにあたり、Webアプリケーション用APIをそのまま活用する方法をご紹介する予定です。

以下、サーバ編の動作確認には、CSPアプリケーションを使用しています。これは、新規開発にCSP(サーバページ)を使用しましょう、という事ではなく、BFF実現のために必要となる機能を理解するためです。BFFについては、クライアント編で触れます。BFFについては、こちらの説明がわかりやすかったです。

リソースサーバの役割はデータプラットフォームであるIRISは最適な選択肢です。医療系用のサーバ機能ですがFHIRリポジトリはその良い例です。本例では、至極簡単な情報を返すAPIを使用しています。

少しの努力でFHIRリポジトリを組み込むことも可能です。

サーバ編とクライアント編に分けて記載します。今回はサーバ編です。

とはいえ、クライアントとサーバが協調動作する仕組みですので、境界は少しあいまいです

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

コミュニティ版は1インスタンスでの利用を想定しているため、2インスタンス以上で設定する構成は利用できません。

製品版と異なる点は以下の通りです。

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Studio では、クラスを直接その名前で開くことができます。何度もクリックしながら目的のクラスに到達するまでパッケージツリー内を移動する必要はありません。

Ctrl + O(またはファイル -> 開く)を押せば、以下のようにクラス名を入力するだけです。

Enter を押すと、クラスが開きます。

VSCode ではこれをどのようにして行えるでしょうか?

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皆さん、こんにちは。

他のシステムとファイル連携を行う場合、Cachéでは、Jobコマンドを使った常駐プロセスやタスクを作成し、特定のディレクトリにあるファイルを定期的に監視、データを取り込むといった機能を手作りされていたかと思います。
これにはファイルの監視や、常駐プロセスの監視、プロセスの制御(起動、停止)を行う機能を用意する必要がありましたが、IRISではInteroperability機能が使えますので、そのようなプログラムを省略することが可能です。

今回は、既にファイル読込処理を行うルーチンが存在し、ルーチン呼出時の引数にファイル名があるという前提で、その処理をInteroperability機能を使ってどのように呼び出すかについて説明したいと思います。

手順

作業手順は以下の通りとなります。

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これはInterSystems FAQ サイトの記事です。

この記事では「グローバルを誤って削除してしまった!」という場合の対処方法をご紹介します。

誤って削除してしまった特定のグローバルを復旧するためには、バックアップファイルとジャーナルを使用します。
復旧は、^ZJRNFILTユーティリティによるジャーナルリストアで条件を指定してジャーナルレコードをリストアする方法で行います。
この方法で、ある時点のデータベースのバックアップに対して、削除が含まれるジャーナルレコードについて特定グローバルを削除するまでのものを適用することができます。

^ZJRNFILTユーティリティの詳細については、以下のドキュメントをご参照ください。

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これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

バージョン2015.2以降から、Windows上のインストール環境では、サービス・アカウントを
 「Windowsコントロールパネル > 管理ツール > サービス > InterSystems IRIS/Cache Controller for XX」
の「ローカル・システムアカウント」から Windows の任意の管理者アカウントに変更した場合に <NOTOPEN> エラー または -1 が返ります。

この状況を回復するためには、以下2つの設定をする必要があります。

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キーワード: IRIS、IntegratedML、Flask、FastAPI、Tensorflow Serving、HAProxy、Docker、Covid-19

目的:

過去数か月に渡り、潜在的なICU入室を予測するための単純なCovid-19 X線画像分類器やCovid-19ラボ結果分類器など、ディープラーニングと機械学習の簡単なデモをいくつか見てきました。 また、ICU分類器のIntegratedMLデモ実装についても見てきました。 「データサイエンス」の旅路はまだ続いていますが、「データエンジニアリング」の観点から、AIサービスデプロイメントを試す時期が来たかもしれません。これまでに見てきたことすべてを、一式のサービスAPIにまとめることはできるでしょうか。 このようなサービススタックを最も単純なアプローチで達成するには、どういった一般的なツール、コンポーネント、およびインフラストラクチャを活用できるでしょうか。

対象範囲

対象:

ジャンプスタートとして、docker-composeを使用して、次のDocker化されたコンポーネントをAWS Ubuntuサーバーにデプロイできます。

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開発者の皆さん、こんにちは。

こちらの記事👉「Apache Webサーバ(プライベートWebサーバ: PWS)インストレーションの廃止」でご案内していましたが、コミュニティエディションを除くInterSystems製品のバージョン2023.2以降では、プライベートWebサーバ(*)を使用した管理ポータル/Webアクセスを非推奨に変更しました。

(*)プライベートWebサーバとは、バージョン2023.1以前のInterSystems製品をインストールすると自動でインストールされる簡易的なApacheで、52773番ポートで管理ポータルやWebアクセスのテストにご利用いただけるWebサーバです。(本番運用環境には適さない簡易的なWebサーバです)

新規インストール/アップグレードインストールによるプライベートWebサーバの利用可否やインストール時の選択項目の違いについての概要は以下表をご参照ください。

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